miércoles, 30 de noviembre de 2016

Mi estancia en el Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC)

¡Hola a todos! Después de muchos meses de ajetreo en los que no he tenido demasiado tiempo para publicar entradas hoy tenía muchísimas ganas de escribir esta y así empezar a darle caña al blog de nuevo, ya que durante un tiempo voy a tener bastante tiempo libre. Para los que no lo sepáis, hoy terminaba mi estancia en el CNB con una beca JAE de introducción a la investigación de 2 meses de duración. Concretamente he estado trabajando en el departamento de biotecnología molecular de plantas, con el grupo que se dedica a inmunología vegetal. En esta entrada solo quería comentaros un poquito lo que he hecho y mis impresiones, se que no se parece al resto de entradas que he subido hasta ahora pero espero que os guste.

A la hora de pedir esta beca se te ofrecen una serie de opciones de las cuales puedes escoger 2, luego ellos deciden en cual te quedas si te escogen, y como no, pedí una beca que tenía que ver con plantas. La verdad es que la escogí sin saber muy bien donde me metía porque de inmunología vegetal no tenía ni idea ya que no se sabe en la universidad, o al menos no en la mía. Nunca se me había ocurrido pensar sobre el sistema inmune de las plantas y quizás por eso me llamó la atención.

El trabajo consiste al menos en mi caso totalmente en trabajo de laboratorio. Por lo que he visto los laboratorios son casi clónicos, todos con poyatas y mesa de despacho para cada uno, así que por esa parte el centro está muy bien. En relación al trabajo también está bastante bien y a mi que no tengo formación en trabajo de laboratorio me ha venido de perlas.

El proyecto de investigación en el que he participado tiene como objetivo el conocimiento del papel de las oxilipinas en la inmunidad vegetal, siendo éstas moléculas lipídos que participan  en la activación de los mecanismos de defensa de las plantas frente a la infección de patógenos.  Aquí se utilizan mutantes del ecotipo Columbia-0 de Arabidopsis thaliana (planta modelo donde las haya). Los más importantes son los mutantes noxy, aislados con anterioridad en el laboratorio mediante la exposición de plantas al agente mutagénico EMS y que se caracterizan por su insensibilidad a las oxilipinas. Por otro lado se emplean mutantes para los genes de interés que se obtienen de bancos de mutantes de la especie objeto de estudio.

En primer lugar se mapea la mutación, es decir, se averigua en qué posición se encuentra en el genoma de la planta. Teniendo en cuenta que se trata de un organismo modelo, existe información disponible sobre las rutas metabólicas relacionadas con estos genes. La posterior exposición de mutantes de diferentes variedades a patógenos tanto de carácter bacteriano (utilizando cepas de Pseudomonas syringae, un patógeno vegetal frecuente) como fúngico (mediante el uso de hongos del género Alternaria) y la comparación de la respuesta tanto entre ellos como con el ecotipo silvestre, Estas infecciones se están realizando también sobre otros tipos de mutantes relacionados con proteínas reguladoras de la traducción y con proteínas ribosomales (podría hablar más de éstos pero no quiero que la entrada sea interminable),

Aquí tenéis algunas de mis plantitas para semillas en el invernadero
 (por si alguno tiene curiosidad el 315 es el laboratorio en el que he estado trabajando).
Mi trabajo en el proyecto se ha centrado sobre todo en genotipar mutantes de los que recibimos mezclas de homocigotos y heterocigotos para el gen que nos interesa. Para infectar estas plantas y conocer como les afecta la mutación necesitamos utilizar  homocigotos (a no ser que la mutación sea letal y no permita la supervivencia en homocigosis) por ello se genotipan.Los mutantes que utilizamos tienen una inserción de ADN transferente en el gen que nos interesa en una de sus copias o en ambas. Este ADN incluye también genes de resistencia a un determinado antibiótico, por ello el primer paso es plantar semillas en medio de cultivo con el antibiótico para el que los homocigotos presentan resistencia y escoger a los individuos que mejor resistieron al cabo de dos semanas. Estos se pasan a tierra y cuando alcanzan el tamaño adecuado se toman muestras y se siguen dejando crecer. Se extrae el ADN y se amplifica por PCR. Por un lado se utilizan cebadores para amplificar el ADN endógeno presente en las plantas silvestres, y por otros cebadores que nos permitan reconocer la presencia del ADN transferente. Tras correr las muestras en una electroforesis con gel de agarosa se observan los resultados con un equipo específico para análisis de documentación de geles  que nos permite ver los resultados en el ordenador (para que veais mis conocimientos previos, yo esto ni sabía que existía, conocía el cuarto oscuro de toda la vida),

He aquí algunas placas con plantas creciendo en la cámara de cultivo in vitro.
(No son todas mías jaja).
Después se cogerán semillas de las plantas que expresen el ADN transferente y no el endógeno cuando éstas alcancen el tamaño adecuado y se plantarán. Cuando esta generación tiene el tamaño suficiente se realiza la infección utilizando plantas del ecotipo Columbia como control. Como podéis ver el ciclo completo lleva su tiempo aunque Arabidopsis crezca bastante rápido, por eso he participado en distintos pasos con distintas plantas.Para que os hagáis una idea en todo lo que llevo solo he podido hacer completo un ciclo con unas semillas que pase a tierra el primer día y que infectamos cuando llevaba yo en el centro mes y medio.

También he participado en otras actividades, como la realización de extracciones de proteínas y western blot o inmunoblots con el objetivo de conocer cuáles son las proteínas presentes en muestras de mutantes de factores de transcripción, detectar formas fosforiladas y sin fosforilar y poder interpretar mejor a posteriori el porqué de su respuesta a infecciones. También he realizado la selección de nuevos mutantes noxy. En concreto, el método de selección de mutantes empleado ha sido la siembra de semillas en medio de cultivo inclinado, lo que permite diferenciar los individuos homocigotos por su peculiar patrón de ondulación de la raíz en comparación con las variedades silvestres. No me quiero meter mucho en el tema de los factores de transcripción que usamos ni en el tema de siembra en placas por no extenderme demasiado pero quiero que tengáis una visión completa.

Mi conclusión es que ha estado muy bien y encima la gente ha sido majísima conmigo, casi lloro hoy al despedirme jajaja La cosa es que si os gustan las plantas y la genética este es vuestro sitio. Si queréis hacer prácticas externas, TFG, TFM o tesis sólo tendríais que contactar con la jefa de este grupo de investigación y probar suerte no perdéis nada con intentarlo. Sobre todo si vais de prácticas no os preocupéis por no tener conocimientos, conmigo de verdad que sobre todo al principio han tenido una paciencia infinita. Espero que os haya gustado la entrada, espero que no se os haya hecho muy pesada para cualquier cosa que queráis decirme podéis ver el apartado de contacto. Intentaré publicar pronto una entrada como las de siempre, ya sabéis que se aceptan sugerencias.

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