¡Soy doctoranda! ¿De qué va mi doctorado?

¡Hola a todos!

Como la encuesta que publiqué en Twitter parecía indicar que al menos los que respondisteis estabais la mayoría interesados en el tema, he decidido empezar a contaros un poco de mi doctorado. Después de tantos intentos pasados, y de una  aparentemente interminable serie de papeleos antes y después de firmar el contrato (y que doy por hecho que se alargará durante los cuatro años de contrato), puedo decir por fin oficialmente que soy doctoranda. Entré el 1 de octubre y después de más de un mes creo que ya me voy creyendo la noticia, y lo más importante para vosotros, ya voy teniendo más idea del enfoque que va a tener la tesis.

Como ya sabéis, en esto de la ciencia no se pueden soltar datos a la ligera, por una parte porque no está bien soltar información sin contrastar y por otro porque soltar información seria en redes sociales u otros medios antes de publicarla es peligroso. De manera que por Twitter le dedicaré hilos puntuales a especies, géneros u temáticas relacionadas con mi doctorado, pero no puedo ir contándoos todo sin liarla. Dicho esto vamos al lío.

¿Qué estoy investigando? ¿Sobre qué va a ir mi doctorado? Como ya sabéis llevo muchos años interesada en las plantas, y como no podía ser de otra forma mi doctorado se centra en plantas. Pero no solo eso, ya que el enfoque es desde la biología evolutiva que me llama mucho la atención, y desde una perspectiva ecológica, que también me interesa y es parte del tema en el que se centraba mi máster, así como mis TFG y TFM.

En concreto voy a trabajar con la familia Araliaceae, y de forma más específica con el clado "Asian Palmate Group (AsPG)", que engloba más del 50% de la biodiversidad de esta familia. Se trata de un grupo de plantas de origen asiático, distribuidas en climas tropicales y templados, con una gran diferencia en el nivel de diversificación entre los clados tropicales y aquellos que han adquirido un nicho templado. Actualmente hay representantes de este grupo en América (tanto Norteamérica, como Centroamérica y Sudamérica), Asia, Europa y África. La mayor diversidad se encuentra en las zonas neotropicales y en Asia (sobre todo en China y Japón). Dentro de los representantes conocidos de la familia Araliaceae podemos encontrar el ginseng (Panax ginseng), que se encuentra fuera de mi grupo de estudio. También son conocidas, especialmente por su uso ornamental, las hiedras (género Hedera).

Mi objetivo es estudiar el AsPG aunando las perspectivas biogeográfica, evolutiva y ecológica, para intentar explicar los patrones de diversificación del grupo a nivel de género (el grupo incluye 20 linajes genéricos en los que nos enfocaremos), entender la diferencia en los patrones de distribución y diversificación entre los clados de zonas templadas y tropicales, y estudiar los procesos microevolutivos utilizando como ejemplo el género Hedera, de nicho templado. Por tanto, se trata de un estudio multidisciplinar en el que se utilizarán datos de distribución de los géneros y especies de interés, datos climáticos, datos genéticos y datos de rasgos morfológicos y funcionales. Estos datos serán obtenidos de bases de datos abiertas, pero también de colaboradores de nuestro grupo de investigación que permitan el acceso a muestras, así como herbarios que visitaré y datos obtenidos y procesados por mi concretamente. Me interesa especialmente que por una parte tendré trabajo de campo (muestreos de Hedera por toda la península ibérica), así como trabajo de laboratorio (secuenciación de genomas completos nucleares y plastidiales, ya que haremos filogenias tanto del AsPG como de Hedera con técnicas de secuenciación masiva actuales o NGS, usando GBS y HybSeq), y además aprenderé sobre otras técnicas como el conteo de cromosomas y la citometría de flujo. También tendré una carga importante de tomar medidas morfológicas y funcionales de pliegos de herbario, muestras tomadas por mi directora de tesis, y muestras que tomemos en este proyecto, lo que va a permitir que conozcamos las diferencias morfológicas y que tomemos una aproximación ecológica.  Como podéis ver se trata de un estudio muy variado. Conclusión: no me voy a aburrir.

Estos datos analizados de forma conjunta con datos filogenéticos, de distribución y climáticos van a permitirnos tener una perspectiva bastante concreta de los procesos de diversificación del grupo. No sé a vosotros, pero a mi me parece un estudio muy interesante, multidisciplinar y en el que aprenderé sobre técnicas diversas de laboratorio, de análisis de datos, y además sobre muestreos de campo. También están planteadas varias estancias en el extranjero que me hacen mucha ilusión, pero os iré comentando cosillas según ocurran. Así que creo que la tesis me va a aportar mucho conocimiento y la voy a disfrutar. ¡Espero que a vosotros también os resulte interesante! Si es así podéis hacerme preguntas mandándome mensajes en cualquiera de mis redes sociales, y seguiré contándoos sobre el tema en futuras entradas.

Ayudante de proyecto en la UPNA

¡Hola majos!

Hace mucho que no escribo, pero por fin estoy aquí con vosotros. Mis redes sociales han entrado hibernación durante los meses de verano debido a un trabajo que he estado realizando durante julio y agosto en Pamplona y del que quería hablaros. Como siempre que escribo este tipo de entradas me debato entre daros detalles sobre mi trabajo, ya que no hay mejor forma de divulgar, y no contar casi nada por el tema de la protección de datos del proyecto que no quiero incumplir (mucho). Por ello esta entrada no será muy larga y no incluiré fotos que quizá acaban en pósteres científicos, pero podéis preguntarme por privado si os pica la curiosidad.

Este trabajo le comencé el 1 de julio. Yo, pánfila que nunca me había ido a vivir fuera de casa (por motivos económicos fundamentalmente) me lancé a subir a Pamplona con menos de una semana de antelación. No voy a mentir a nadie ni pintarlo de colorines. La primera semana a nivel psicológico fue muy dura y no solo para mi, ya que de las tres chicas que llegamos dos estábamos agobiadas por el nivel demandado. El trabajo fue muy exigente para mi debido a mi escasa experiencia en biología molecular. 

He cogido mucha más práctica de la que tenía en extracciones de ADN y PCRs, además de aprender a hacer medios de cultivo, cogerle confianza al autoclave y acostumbrarme a trabajar en campana de extracción. Ha sido la primera vez que he trabajado con bacterias y levaduras, y ahora sé como hacer digestiones de ADN, transformaciones bacterianas, ligación de vectores con insertos y electroporación. Las cosas no siempre han salido según lo planeado y hemos tenido que repetir varios pasos muchas veces, pero gracias a eso ya no se olvida quiero quedarme con lo bueno, con que he aprendido mucho tanto dentro como fuera del laboratorio, y con la calidad de la gente que he conocido allí.

El objetivo del proyecto era (y es, porque ahí siguen con ello hasta noviembre) la producción de proteínas que podrían tener aplicación industrial en el futuro, considerando sus propiedades. Para ello se utilizaban como vectores de expresión E. coli y la levadura Pichia pastoris. Para ello es necesario ligar el inserto de interés al plásmido que se usará como vector cortando previamente con determinadas enzimas, lo que llamamos digestión. Después se transforman las bacterias con ese plásmido que incluye el gen de interés y se crecen en placas para las que las bacterias transformadas tendrán resistencia. Se crecen las bacterias resultantes en medio líquido y a partir de esos cultivos se hacen extracción de ADN, PCR y electroforesis, seguidos de cortar el gel y extraer el ADN del gel para purificarlo. 

Tras hacer eso con las E. coli dos veces con dos plásmidos, el primero de menor tamaño, llegamos al mismo proceso y transformamos las levaduras por electroporación y se crecen en medio con antibiótico. Yo dejé el estudio en este punto, pero posteriormente va toda la parte de proteínas que estaría interesante conocer y que me voy a perder. Básicamente el ser capaces de ver qué proteínas están produciendo a nivel interno y secretando las levaduras, si son las que nos interesan, y en ese caso producirlas primero a pequeña escala y luego a gran escala.

El proyecto lo dejé a medias por otro empleo en el ICTAN, con un año de duración y a tiempo parcial, que acepté para estar más cerca de mi gente y por tener una mayor duración que el de Pamplona. ¡Pero resulta que también este proyecto voy a tener que dejarlo nada más entrar, ya que me han avisado de que se me ha concedido una FPI UAM que eché hace mucho gracias a una renuncia! Cuando sea algo definitivo con contrato firmado os contaré un poco de la tesis.

Dos años en el ICTAN y los contratos de garantía juvenil

¡Hola a todos!

Hace más de un año que no escribo por aquí. Y que mejor (o peor) ocasión para resucitar el blog que contaros un poco mi experiencia durante estos dos años en el Instituto de Ciencia y Tecnología de Alimentos y Nutrición o ICTAN, un centro perteneciente al CSIC. 

Lo primero que os preguntaréis es como acabé aquí teniendo en cuenta que de formación no soy tecnóloga de alimentos ni nutricionista. Todos conoceréis los tan comunes y anunciados contratos de garantía juvenil. Yo entré con uno de esos contratos. Se trataba de un contrato en prácticas de dos años y con un salario de al menos el 60% de lo que se paga en ese puesto de manera normal durante el primer año y al menos un 70% el segundo año. Estos contratos en el caso del CSIC se anunciaban, y creo que aun se anuncian, directamente en la web del CSIC. Cuando me apunté a esta convocatoria estaba en un momento de parón, después de terminar el máster y de la JAE Intro en el CNB me encontraba en un punto muerto. Aunque tenía y sigo teniendo claro que quiero hacer una tesis relacionada con plantas, biodiversidad, ecología y/o evolución, en esta vida no se puede estar parado. Por eso eché tres ofertas, una en el CNB, donde ya estuve unos meses antes y que era mi primera opción, y dos en el ICTAN, cogiéndome mi segunda opción. 

Esta oferta mencionaba que se haría trabajo de laboratorio con muestras humanas y que se colaboraría en la obtención de resultados. La verdad es que me sonaba bastante interesante y eché la solicitud "a ver si sonaba la flauta". El proceso de selección es bastante lento. Calculad entre 3 y 6 meses de espera desde que las echáis hasta la resolución de adjudicación, así que no os agobiéis mirando a todas horas. Sin embargo es importante que estéis atentos para que no se os pasen los plazos de subsanación y perdáis la oportunidad. Otra cosa importante es que tengáis toda la documentación original que habéis metido en la convocatoria, porque cuando os digan si estáis seleccionados va a ir todo muy rápido y lo normal es que os toque presentar los originales y fotocopias. ¡Y subid todo lo que tengáis! Yo tengo claro que para la beca en el CNB me ayudaron los cursos online y sospecho que para esta oferta también.

En cuanto a lo que es mi experiencia propiamente dicha, recuerdo que cuando llegué y durante los primeros meses fue todo muy incómodo, un constante "solo sé que no sé nada". No tengo formación en nutrición y la biología que estudié es más ambiental que sanitaria. La cosa fue mejorando a base de leer artículos del grupo de investigación y de temas similares. Os digo que no tengáis miedo de aprender cosas nuevas o hacer cosas diferentes. Una vez pasada esa etapa de estar fuera de la zona de confort cogí confianza. He aprendido mucho tanto de laboratorio, como de escribir papers y la investigación en general. Aunque sigue gustándome más la rama que estudié, mis dos años en el ICTAN me han llevado a plantearme estudiar nutrición como segunda carrera.

En cuanto a la investigación no puedo contaros mucho aparte de lo que está en los papers (si alguien los quiere leer que me los pida). Al principio colaboré en un estudio sobre voluntarios con síndrome metabólico y el efecto que podía tener sobre ellos un liofilizado de uva. Se trató de estudio con diseño cruzado aleatorizado, donde se repartieron al azar los voluntarios en dos grupos (control vs suplementado). Después se deja un tiempo de lavado donde no se les controla y posteriormente se invierten los grupos. Por otra parte el estudio en el que más colaboré es en un estudio observacional sobre voluntarios vegetarianos, que pretende ser un piloto para conocer hábitos y estado de salud de vegetarianos y del cual ya hemos publicado varios artículos. No sé como pero pasé de no tener ni idea a ser la primera autora de estos artículos a base de esfuerzo e iniciativa. No tengáis miedo a intentarlo. Lo interesante de este estudio es que no solo es el primer estudio científico en España sobre esta población, si no que es bastante completo en los marcadores analizados (marcadores de vitamina B12, folato, hierro, ácidos grasos, saciedad y regeneración ósea). A nivel personal lo que me ha gustado de colaborar en este trabajo es que puede tener una aplicación práctica, servir para demostrar que la gente que sigue estas dietas puede estar sana, o por el contrario demostrar que hace falta equilibrar la dieta de cierta manera o consumir suplementos.

¡Para cualquier duda no os cortéis en escribir por Twitter o por aquí! ¡Pronto nos veremos por aquí ya que quiero contaros un poco del curso online de microbiota que estoy haciendo!

Mi estancia en el Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC)

¡Hola a todos! Después de muchos meses de ajetreo en los que no he tenido demasiado tiempo para publicar entradas hoy tenía muchísimas ganas de escribir esta y así empezar a darle caña al blog de nuevo, ya que durante un tiempo voy a tener bastante tiempo libre. Para los que no lo sepáis, hoy terminaba mi estancia en el CNB con una beca JAE de introducción a la investigación de 2 meses de duración. Concretamente he estado trabajando en el departamento de biotecnología molecular de plantas, con el grupo que se dedica a inmunología vegetal. En esta entrada solo quería comentaros un poquito lo que he hecho y mis impresiones, se que no se parece al resto de entradas que he subido hasta ahora pero espero que os guste.

A la hora de pedir esta beca se te ofrecen una serie de opciones de las cuales puedes escoger 2, luego ellos deciden en cual te quedas si te escogen, y como no, pedí una beca que tenía que ver con plantas. La verdad es que la escogí sin saber muy bien donde me metía porque de inmunología vegetal no tenía ni idea ya que no se sabe en la universidad, o al menos no en la mía. Nunca se me había ocurrido pensar sobre el sistema inmune de las plantas y quizás por eso me llamó la atención.

El trabajo consiste al menos en mi caso totalmente en trabajo de laboratorio. Por lo que he visto los laboratorios son casi clónicos, todos con poyatas y mesa de despacho para cada uno, así que por esa parte el centro está muy bien. En relación al trabajo también está bastante bien y a mi que no tengo formación en trabajo de laboratorio me ha venido de perlas.

El proyecto de investigación en el que he participado tiene como objetivo el conocimiento del papel de las oxilipinas en la inmunidad vegetal, siendo éstas moléculas lipídos que participan  en la activación de los mecanismos de defensa de las plantas frente a la infección de patógenos.  Aquí se utilizan mutantes del ecotipo Columbia-0 de Arabidopsis thaliana (planta modelo donde las haya). Los más importantes son los mutantes noxy, aislados con anterioridad en el laboratorio mediante la exposición de plantas al agente mutagénico EMS y que se caracterizan por su insensibilidad a las oxilipinas. Por otro lado se emplean mutantes para los genes de interés que se obtienen de bancos de mutantes de la especie objeto de estudio.

En primer lugar se mapea la mutación, es decir, se averigua en qué posición se encuentra en el genoma de la planta. Teniendo en cuenta que se trata de un organismo modelo, existe información disponible sobre las rutas metabólicas relacionadas con estos genes. La posterior exposición de mutantes de diferentes variedades a patógenos tanto de carácter bacteriano (utilizando cepas de Pseudomonas syringae, un patógeno vegetal frecuente) como fúngico (mediante el uso de hongos del género Alternaria) y la comparación de la respuesta tanto entre ellos como con el ecotipo silvestre, Estas infecciones se están realizando también sobre otros tipos de mutantes relacionados con proteínas reguladoras de la traducción y con proteínas ribosomales (podría hablar más de éstos pero no quiero que la entrada sea interminable),

Aquí tenéis algunas de mis plantitas para semillas en el invernadero
 (por si alguno tiene curiosidad el 315 es el laboratorio en el que he estado trabajando).

Mi trabajo en el proyecto se ha centrado sobre todo en genotipar mutantes de los que recibimos mezclas de homocigotos y heterocigotos para el gen que nos interesa. Para infectar estas plantas y conocer como les afecta la mutación necesitamos utilizar  homocigotos (a no ser que la mutación sea letal y no permita la supervivencia en homocigosis) por ello se genotipan.Los mutantes que utilizamos tienen una inserción de ADN transferente en el gen que nos interesa en una de sus copias o en ambas. Este ADN incluye también genes de resistencia a un determinado antibiótico, por ello el primer paso es plantar semillas en medio de cultivo con el antibiótico para el que los homocigotos presentan resistencia y escoger a los individuos que mejor resistieron al cabo de dos semanas. Estos se pasan a tierra y cuando alcanzan el tamaño adecuado se toman muestras y se siguen dejando crecer. Se extrae el ADN y se amplifica por PCR. Por un lado se utilizan cebadores para amplificar el ADN endógeno presente en las plantas silvestres, y por otros cebadores que nos permitan reconocer la presencia del ADN transferente. Tras correr las muestras en una electroforesis con gel de agarosa se observan los resultados con un equipo específico para análisis de documentación de geles  que nos permite ver los resultados en el ordenador (para que veais mis conocimientos previos, yo esto ni sabía que existía, conocía el cuarto oscuro de toda la vida),

He aquí algunas placas con plantas creciendo en la cámara de cultivo in vitro.
(No son todas mías jaja).

Después se cogerán semillas de las plantas que expresen el ADN transferente y no el endógeno cuando éstas alcancen el tamaño adecuado y se plantarán. Cuando esta generación tiene el tamaño suficiente se realiza la infección utilizando plantas del ecotipo Columbia como control. Como podéis ver el ciclo completo lleva su tiempo aunque Arabidopsis crezca bastante rápido, por eso he participado en distintos pasos con distintas plantas.Para que os hagáis una idea en todo lo que llevo solo he podido hacer completo un ciclo con unas semillas que pase a tierra el primer día y que infectamos cuando llevaba yo en el centro mes y medio.

También he participado en otras actividades, como la realización de extracciones de proteínas y western blot o inmunoblots con el objetivo de conocer cuáles son las proteínas presentes en muestras de mutantes de factores de transcripción, detectar formas fosforiladas y sin fosforilar y poder interpretar mejor a posteriori el porqué de su respuesta a infecciones. También he realizado la selección de nuevos mutantes noxy. En concreto, el método de selección de mutantes empleado ha sido la siembra de semillas en medio de cultivo inclinado, lo que permite diferenciar los individuos homocigotos por su peculiar patrón de ondulación de la raíz en comparación con las variedades silvestres. No me quiero meter mucho en el tema de los factores de transcripción que usamos ni en el tema de siembra en placas por no extenderme demasiado pero quiero que tengáis una visión completa.

Mi conclusión es que ha estado muy bien y encima la gente ha sido majísima conmigo, casi lloro hoy al despedirme jajaja La cosa es que si os gustan las plantas y la genética este es vuestro sitio. Si queréis hacer prácticas externas, TFG, TFM o tesis sólo tendríais que contactar con la jefa de este grupo de investigación y probar suerte no perdéis nada con intentarlo. Sobre todo si vais de prácticas no os preocupéis por no tener conocimientos, conmigo de verdad que sobre todo al principio han tenido una paciencia infinita. Espero que os haya gustado la entrada, espero que no se os haya hecho muy pesada para cualquier cosa que queráis decirme podéis ver el apartado de contacto. Intentaré publicar pronto una entrada como las de siempre, ya sabéis que se aceptan sugerencias.